Por si no te habías fijado, cuando activas más de una pasarela de pagos en tu tienda en línea creada con WordPress + WooCommerce, siempre hay una de ellas en la lista de métodos de pago que se mostrará como la pasarela activa al finalizar compra.

Esto es debido a 2 posibles causas:

Para los usuarios desconectados o en su primera compra se mostrará activa/abierta la pasarela de pagos que esté en el primer lugar de los ajustes de los métodos de pago de WooCommerce.
Para los usuarios conectados, que ya hayan realizado alguna compra, se mostrará activa/abierta la pasarela de pagos que usaron en la última compra.

Esto, para los que se dieron cuenta en algún momento, ha venido sirviendo para la muy loable estrategia de «animar» a sus clientes a usar el método de pago que menos comisiones cobre, por ejemplo.

Ahora bien, hay situaciones en las que esta puede no ser la opción más adecuada.

Porque este comportamiento por defecto implica varias cosas:

El texto descriptivo de la pasarela de pagos en primer lugar se muestra por defecto.
Si la pasarela de pagos tiene algún campo a rellenar o botón se mostrará por defecto.
Será la pasarela activa por defecto.
… muchos usuarios ni siquiera «verán» que hay otros posibles métodos de pago, al no estar seleccionados por defecto, o sea, activos.

Y esto, a su vez, puede tener consecuencias indeseadas, como por ejemplo…

Que el cliente – sin fijarse bien – termine intentando el pago con una pasarela de pago que no es la que quería usar.
Que tú, como gestor de la tienda, tengas que modificar pedidos en caso de este tipo de errores.

Otras situaciones que te planteo, en las que no sería lo más adecuado el comportamiento de WooCommerce por defecto en este asunto:

Tienes activas varias pasarelas de pago y querrías saber – realmente – las preferencias de pago de tus clientes (nuevos y recurrentes), sin ajustes por defecto que inciten a usar una u otra.
Has introducido una pasarela de pago nueva, como por ejemplo de pago a plazos, PayPal, o lo que sea, y quieres saber su nivel de aceptación.
Tienes varias pasarelas de pago similares y no puedes, o no debes, primar a una sobre otra.

En cualquier caso, si quieres que WooCommerce deje de mostrar una pasarela de pago activa/abierta por defecto, la solución está en añadir el siguiente código a tu web, usando el método que prefieras:

/* Sin pasarela de pago activa por defecto */
add_action( 'woocommerce_before_checkout_form', 'ayudawp_sin_pasarela_pago_activa_defecto' );

function ayudawp_sin_pasarela_pago_activa_defecto() {
wc_enqueue_js( "

// SOLO SE EJECUTA AL CARGAR LA PAGINA
$( document.body ).on( 'updated_checkout', function() {

// SOLO SE EJECUTA SI HAY MAS DE 1 OPCION DE PAGO
if ( $( '.woocommerce-checkout' ).find( 'input[name=\'payment_method\']' ).length === 1 ) return false;

// DESMARCA LAS PASARELAS DE PAGO
$('input[name=\'payment_method\']').prop('checked', false);

// CIERRA LA CAJA DE TEXTO DE PASARELA DE PAGO POR DEFECTO
$('div.payment_box').hide();

});
" );
}

El resultado es justo el esperado, se mostrarán todas las pasarelas de pago que tengas activas en los ajustes de WooCommerce, y sí, en el orden en el que estén situadas, pero sin ninguna activa por defecto, hasta que el cliente haga clic en su elegida…